A Kassán született mérnök iskoláit szülővárosában kezdte, a műegyetemet már Bécsben végezte. Rövid ideig Bécs városánál volt építőmérnök, majd 1874-től sógora vállalkozásait vezette. 1876-ban a 48-as emigráns Türr István és a francia Ferdinand de Lesseps oldalán részt vett a Panama-csatorna nyomvonalának kitűzésére szervezett nemzetközi expedícióban. Az expedíció tudományos anyagát feldolgozó jelentésében, 1878-ban elsőként tette le voksát a Panama-csatorna megépítése mellett. Türr István zseninek tartotta az ifjú mérnököt, a Panama-csatorna terveinek előkészítéséhez is az akkor 36 éves szakembert kérte fel. Gerster olyannyira rászolgált a bizalomra, hogy alig hat évvel később ő lett a Korinthoszi-csatorna építésének főmérnöke.
 
Az Észak- és Dél-Görögországot összekötő, de a vízi közlekedést akadályozó földdarab átvágási munkálatait 1882. május 5-én kezdték meg. A 80 méterrel a tengerszint fölé emelkedő, kemény kőzetben mély, majdnem függőleges, V alakú bevágást készítettek. A munkálatok során mintegy 11 millió köbméter földet termeltek ki, 1200 tonna lőport és 450 tonna dinamitot használtak el. A csatorna fölött vasúti és közúti hidat építettek, bejáratai előtt hullámtörő gáttal ellátott kikötőt létesítettek.
 
A csatorna partján felállított vörösmárvány emlékmű „csak” két magyar, Türr István és Gerster Béla érdemeit méltatja, görögül, magyarul és angolul. (Egy régebbi tábla a vízi út másik végén két nyelven...) Pedig a munka irányításában még négy magyar mérnök – Kauser István, Nyári László, Pulszky Garibaldi és Stéghmüller István – vett részt, a csatornát ez a kvartett fejezte be. A csőd miatt átmenetileg leállt építkezés folytatását Gerster ugyanis már nem várta meg, hazautazott, hogy vasutat építsen Magyarországon.